豊後の国にキリスト教が伝えられたのは、大友義鎮(宗麟)の招きによって1551年9月中旬にフランシスコ・ザビエルが来訪したことによる。わずか2ヵ月程でザビエルは豊後を去ったが、翌年、バルタザル・ガーゴら4名の宣教師がインドのゴアから鹿児島を経て府内(大分)に到着、また山口で宣教していた修道士ジョアン・フェルナンデスもやって来た。 1553年に宗麟はガーゴ神父に土地を提供したが、ここから豊後での宣教活動は本格化する。修道院が建てられ、1年ほどで500~600人がキリシタンとなり、2年後には1,500人が受洗したが、「裕福な者は帰依せず、帰依するのは貧窮な病人」だけといった状況であった。
1556年、それまで日本におけるキリスト教宣教の中心地であった山口で戦乱が起こったため、翌年、日本布教長トルレス神父が山口から府内に移り、ここ府内に宣教活動の本部が置かれることになった。こうして、トルレス、ガーゴ、ヴィレラの3人の神父とアルメイダら6名の修道士、合わせて9名が府内に住むことになった。新しい教会や修道院が建てられ、乳児院や府内病院が開設された。さらに「ミゼリコルディアの組」も創設された。
しかしながら、1560年代になると、イエズス会は肥前地方の宣教に力を注ぎ、豊後には司祭が1名だけとなり、低調な時期が続いた。1562年に宗麟が臼杵に移り住んだことにより、臼杵にキリシタン教界が誕生した。
1575年、宗麟の次男親家がセバスチャンの名で洗礼を受けた。この洗礼は、この後の豊後におけるキリシタン発展の導火線となった。イエズス会も再び豊後に宣教師を派遣し、司祭の数は7名になった。